上海市重大传染病和生物安全研究院（以下简称“市传研院”）于2020年11月在复旦大学揭牌成立。市传研院是由上海市人民政府批准设立，由上海市人民政府与复旦大学按照协议共同成立的上海市级公益性科研机构。市传研院由上海市人民政府和复旦大学共同建设，实行理事会领导下的院长负责制，理事长由分管卫生健康工作的市领导担任。市传研院首任院长由复旦大学上海医学院副院长吴凡担任。

市传研院依托复旦大学上海医学院管理，在内部机构设置、经费使用、成果处置、人员聘用、职称评定、薪酬分配激励、出国审批、设备采购等方面享有一定自主权。市传研院机构性质为独立法人事业单位，有独立的统一社会信用代码和独立财政账号，不定行政级别，不核定事业编制。上海市人民政府支持研究院登记为事业单位并纳入上海市重点科研机构建设范畴，全面支持研究院的建设和管理工作。复旦大学充分尊重研究院的自主权，将市传研院纳入复旦大学治理体系，在科研团队建设和人才引进名额、研究生名额、人才培养条件、教学科研空间和多学科力量支持等政策和资源方面提供全力支持；市传研院以复旦大学名义争取国家重大项目、国家级重大科研平台。复旦大学在枫林校区支持研究院5000平方米的科研空间，用于研究院一期建设。