上海市重大传染病和生物安全研究院紧扣“全链式”研究所需，创新人才培养模式。从流行病学、环境卫生学、病原生物学、病理学与病理生理学、医学系统生物学、免疫学、急诊医学、儿科学等多个学科遴选导师，组成导师小组对研究生开展跨学科的学术指导。

上海市重大传染病和生物安全研究院依托国家高等级病原微生物实验室生物安全培训基地，全年共为全国18个省市自治区直辖市培训三级实验室、二级实验室紧缺人才，参加考核的学员考核通过率为100%，学员对培训的平均满意率超过98%。